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这正是玄圣为废黜三道开始铺路，下一步便是废黜三道，只是没想到佛道之争全面爆发，玄圣的不得不暂停废黜三道的动作，全面压制佛门，使得道门变成了九堂和三道并存的局面，颇类似于古时的三省六部，而玄圣的目的则是如当今朝廷一般废黜三省而置内阁，只差一步之遥。
当初由全真道掌管造物之事时，内部产生了许多不同的派别，各自主张不同。有以火器机关为重的；有以香火愿力为重的；也有以法术符箓为重的；还有专门研究各种荒兽血脉，意图将荒兽血脉移植到人体的；或是专门培育僵尸，意图驱使僵尸、天鬼为奴仆的等等。林林总总，大约十几种。
玄圣和当时的地师，出于某些深层次的考虑，否决了部分派别，比如研究人体，意图复制武夫的人仙真身结果造出了非人的怪物。又比如研究荒兽血脉，造就了各种
半妖等等。这些派别或是太过残忍，有违人伦，或是难度较大，实用性不高，都被一一叫停。这些被否定的派别中有八个派别在后来叛出了道门，继续自己的研究，便是隐秘结社八部众的前身。
还有一些小派别或者个别人士，则被其他隐秘结社收入麾下，比如说清平会和知命教。按照道理来说，这种事情本不该发生，只是当时道门要应对佛门的挑战，无暇顾及这些细枝末节，才给了这些人叛出道门的机会。
其实散人也是出自其中一个派别，这个派别的目的便是仿造并且量产谪仙人，结果是成功了，不过因为造就一个谪仙人的花费太过高昂，并不划算，于是只剩下散人这个半成品流传下来。
最终，玄圣解散终止造物工程之后，将其人员改组为天机堂和化生堂。两堂既不相同又有相通之处，就好似丹鼎一道中的外丹之道和内丹之道。
研究以外物为主的，或者说“外丹”，归入天机堂中。研究以人体、血脉、传承等“内丹”为主的，归入化生堂中。
然后再在两堂之下各设分司，作出细分，同时两堂还发展出部分经商职能，以此来解决度支堂拨款不足的问题，多少有些将各种研究成果变现为太平钱并且自负盈亏的意思。
