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都指挥使司简称都司，最高长官为“都指挥使”，正二品，隶属于五军都督府。
都指挥使司下面设卫， 长官为“卫指挥使”，卫下面是千户所和百户所。
皇帝亲军上二十二卫，称“亲军指挥使司”，不隶都司和五军都督府。
换而言之，“卫”正常上面是“都”，但青鸾卫的全称是“青鸾卫亲军指挥使司”，是直接隶属于皇帝，所以没有上面的“都”，自然也没有“都指挥使”，只有“卫指挥使”，简称指挥使，正三品。
在前朝时，皇帝多半会以都督、都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事兼任青鸾卫指挥使，使其成为一品、二品的公卿重臣。只是本朝已无五军都督府和都司，故而青鸾卫的主官最高只能到正三品，权重却位卑。
世人口中的“黑衣人”则是营兵，实行另一套官制。
其实最早时候，指挥使镇守地方，总兵官是为临时职务，是大军出征时的最高统帅。待到后来，卫所制度开始崩溃，总兵官成为地方驻守最高武官，取代了指挥使的职能。
大玄朝廷在常设总兵官的同时又增设提督军务总兵官，与巡抚平级，两者是为一州之内的最高文武官员，其次才是承宣布政使、提刑按察使、总兵官。
总督则是节制数州之地，掌握军政大权。
因为总督的全称是：兵部尚书兼右都御史总督某州、某州等处地方、提督军务粮饷、管理河道、兼巡抚事。故而总督既有巡抚的民政之权，又有提督军务总兵官的兵事之权，是为真正的封疆大吏。
